随着分子生物学研究的迅猛发展，特别是DNA检测分析技术的发明，釆用基因序列或基因组对物种进行鉴定及分类成了一种全新的现代方法。DNA作为关联遗传的大分子，其碱基序列直接决定了生物的种类，并且比表型特征更能生动的反映物种之间亲缘关系及系统发育关系。
由于分子生物学理论上的支持，前些年有人认为DNA测序分类（也称基因条码分类）将很快替代主要以形态学为基础的传统分类学。不少人甚至期待通过对全球所有的物种进行批量性测定，各自赋以特定的条码(barcode), 然后登记造册，在较短时间内家底全清！而且少数激进者开始通过单一DNA测序描述并发表新种。
然而问题根本不是那么简单，莫说未知生物物种首先需要花费大量的人力财力进行大量的野外考察，并且十分的需要时间。同时大多分类学家并不支持脱离传统形态分类学的基础，独立釆用DNA序列去描述新种。国际动物命名委员会(ICZN)也并不认可此类新种，所以是无效的。原因并不难理解：因为DNA序列既不是一个物种人类视觉范围内的信息载体，更关键的，也不是一个物种特征的完整载体！国际动物命名法规(The Code)对物种的概念有明确的阐述和诠释。
既然DNA序列不能独立作为物种信息载体，那么其对生物分类的作用在哪里？ 很显然作用更多是辅助性的(complementary), 特别是在鉴定近缘种方面十分有用。有些近似种类无法或很难从形态特征上区别开来，而进入分子层面的DNA测序则表达为种间明显不同的碱基序列。此外，在某些情况下，通过DNA序列的对比分析则能帮助人们解决或更加深刻认识一些物种之间的亲缘进化关系。那么是否每个种的鉴定需要结合DNA序列的测定呢？ 回答是没有必要的！因为自然界大多数种类均具有相当的形态独特性，足以轻易区分开来，近似种所占比重终究不在多数。
笔者多次在一些国际性论坛表达个人意见：脱离分类学实际需要及针对性工作，单纯去测定一些物种的DNA序列并建立所谓的数据库是没有什么意义的！并且可能带来不必要的麻烦，也就是文题所说的“平添混乱”。这种麻烦和混乱主要是由于不正确技术操作造成，错误的检测方法和技术很难获得真实的结果，特别小心如今那些多如牛毛的商业性检测机构！例如，笔者曾将同一个种标本分别送交不同的机构检测，可怕的是竟然得到不同的序列结果！而一些已经发表的DNA序列检测报告及论作，却被发现种类存在形态学鉴定上的错误！ 国外甚至有专家指责GeneBank及其它一些Database充斥着不少的rubbish staff， 这种大量的rubbish staff的产生和存在将给分类学的未来带来更多trouble．
自18世纪林奈氏创立生物双名法起，过去250多年间共描述了大约180多万个物种（包括动物,植物及微生物），但据估计仍有500万以上物种待于描述，特别是动物中的昆虫纲大部分种类仍然未知。按照现行主要以形态为基础分类进程，人类大约还需要700-1000年才能将地球上所有物种记载完。科学技术的发展能够加快这一进程么？
那是十分肯定的：随着科学技术多方面的不断发展，这一进程将大大缩短。遥感技术，人工智能以及机器人釆集技术的发展和应用将使人类更加轻易和尽快定位并获得未知物种标本。通过对微形态学研究，结合分子生物学检测，超高清摄影技术，建立图片数据库，甚至可以建立相关数学模型，将使物种鉴定更加准确及快速。然而不少专家却指出，尽管每年大量物种在灭绝消失，人类仍然没有必要过急去调查描述完地球上未知的物种，而着力研究已知物种存在的价值包括其在自然生态系统作用显得更有意义。
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